四、迈凯伦时期：F1三冠王
当年，实力最强的车队是威廉姆斯和迈凯伦，而迈凯伦表现出了与塞纳相同的价值观，他们开始为共同的理想而战斗。塞纳与迈凯伦车队签订了三年合约，与他搭档的是1985年和1986年的F1世界冠军阿兰·普罗斯特。当被问到如何看待与普罗斯特成为队友时，塞纳说：“我相信我比他更适合这支车队，我相信我将比他开得更快，更有冲击力，而且更加稳定，我将打败他！”
塞纳没有食言，但过程并非一帆风顺。1988年5月15日，摩纳哥大奖赛，比赛开始后塞纳一直跑在最前面，他领先第二名的普罗斯特多达55.1秒，但在第67圈（总共78圈），由于放松和疏忽，塞纳失误撞上了防护墙，他退赛了。结果，普罗斯特赢得了比赛胜利。“他不只想打败我，他想羞辱我，他太想向人们证明他有多快，他有多优秀了，这是他的弱点。”普罗斯特说。而在那次事故后，塞纳变得更加强大。
摩纳哥站是1988赛季的转折点，在接下来的8场比赛中塞纳赢了6场，在总冠军的竞争中领先于普罗斯特。1988年10月30日，日本大奖赛，如果塞纳赢下这场比赛，他将提前夺得年度总冠军。塞纳在排位赛中拿下杆位，但正式比赛伊始，他就遇到了麻烦，由于发动机问题，塞纳只有眼看着其他车手从身边呼啸而过，他的名次由第1位落到了第14位。
巴西人没有放弃，塞纳很快就追到了第8位，然后他最喜欢的事情发生了，开始下雨了。塞纳让普罗斯特再度体会到了威胁的感觉，比赛进行到第28圈后，塞纳已经将名次追回到了第2的位置。普罗斯特赛车变速箱出现问题，塞纳一举夺回头名位置，并且将领先优势一直保持到了比赛结束，从而也将年度冠军揽入囊中。
1989年的F1，因为有塞纳和普罗斯特这一对明争暗斗的队友而令竞争格外激烈。与之前一年相比，塞纳的新赛季并不顺利，冠军悬念一直保持到10月22日的日本大奖赛，塞纳必须拿下前两名才有可能赢得冠军，而排在首发位置的正是他的队友普罗斯特。普罗斯特在前45圈（总共53圈）里一路领先，但塞纳已经逐渐赶上，在接下来一圈的一卡西欧急弯塞纳试图超越，而普罗斯特挡住了他前进的道路，两辆赛车撞在一起滑出赛道。
普罗斯特走出赛车，沮丧地退出了比赛，而塞纳却依靠赛道工作人员的一点帮助，将鼻翼完全损坏的赛车又驶回赛道，并且夺得冠军。不过，最终登上冠军领奖台的人不是塞纳，国际汽联以塞纳违规重新投入比赛为由，取消了他的该站成绩，而普罗斯特成为这次处罚的受益者，法国人意外夺得了年度总冠军。
1990年，普罗斯特转会到法拉利车队，现在他与塞纳成了名副其实的对手。1990年，在前14站比赛中，塞纳赢了6场，普罗斯特赢了5场，悬念又被带到了10月21日的日本大奖赛。这一次，塞纳拿到了杆位。当比赛即将开始，塞纳突然发现自己在赛道较脏的内侧，而他认为普罗斯特占据的干净的外侧才是更有优势的发车位置。塞纳立刻对此提出申诉，经过激烈的讨论，赛会先是更改了发车位置，紧接着又恢复了原有设置。
塞纳为此愤愤不平：“Balestre影响了决定，大家都看到了，F1政治陷害了我好几次，今天我要用自己的方式跑比赛，不管发生生么事，我都不会妥协。”比赛开始，普罗斯特在过第一个弯角时领先塞纳半个车身，紧接着进入右弯，塞纳的迈凯伦赛车与普罗斯特的法拉利赛车撞在了一起，两人双双退赛。最终，塞纳拿到了自己的第二个年度总冠军。
时间来到1991年，塞纳开始了他第7年的F1职业生涯。3月24日，巴西大奖赛，这是塞纳第一次在他的家乡圣保罗参加F1，在英特拉各斯赛道，塞纳拿到了杆位，比赛一开始，30万巴西车迷齐声为塞纳助威“欧嘞、欧嘞、欧嘞、欧嘞，塞纳、塞纳”，他想赢得巴西大奖赛，他想在故乡的土地上赢得比赛，没有什么比赢下这场比赛更有意义。
发车后塞纳一直领先，胜利几乎已成定局，然而，在比赛还剩7圈时（总共67圈），赛车变速箱却卡在了第6挡，塞纳没有放弃，而是耗尽所有能量以不可思议的驾驶方式向终点冲去，并赢得胜利。然后，塞纳的赛车停在了赛道上，救护车赶来，由于体力的巨大消耗，塞纳的肩膀和颈部肌肉痉挛，这种痛苦是巨大的，他承受了前所未有的身体和精神的压力。
在登上领奖台前，塞纳请工作人员帮他拿来国旗，但他的肩膀仍然僵硬，只能艰难的举起双臂，使黄蓝两色的巴西国旗在空中飘扬。现场的车迷全都沸腾了，为他们的英雄鼓掌、欢呼。在巴西，每个人都认识塞纳，他以独特的人格魅力，深深影响着巴西人。
塞纳总是很友好，并富有爱国心，他也会出言反对社会、经济的不平等现象。而且，塞纳不是只说不做，他努力唤醒公众意识到这些问题并采取行动解决它们，塞纳生前捐出了约20亿美元去帮助那些需要帮助的人，特别是儿童。塞纳在1991赛季的形势大好，8次首发，7次大奖赛冠军的成绩，使他成功卫冕F1世界冠军。成为三冠王的塞纳达到了事业的巅峰，而他似乎更多了些智慧，也变得更加成熟。
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